Urusan Kebudayaan DIY pada mulanya menjadi wewenang Dinas Pendidikan dan Kebudayaan DIY. Melalui Keputusan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta nomor: 353/KPTS/1994 tanggal 26 Oktober 1994 tentang Pembentukan Dinas Kebudayaan Provinsi DIY, maka urusan Kebudayaan menjadi dinas tersendiri . Dinas Pendidikan dan Kebudayaan DIY menjadi Dinas Kebudayaan DIY dan Dinas Pendidikan dan Pengajaran. Pada mulanya kepalai Dinas dilaksanakan oleh Plt oleh Drs. Wahyuntana yang sekaligus masih merangkap di Dinas Pendidikan dan Pengajaran, dan pada tahun ini belum ada pejabat eselon III dan IV serta belum ada kantor resmi. Baru pada 26 November 1997 di lakukan peresmian Dinas Kebudayaan DIY, peresmian Kantor Dinas di sisi timur lapangan kepatihan, dan pada 27 November 1997 di lakukan pelantikan pejabat eselon II, III, dan IV. Pada saat itu Drs. Wahyuntana resmi menjadi pelaksana harian. Pada tahun 1998 Kepala Dinas dijabat oleh KMT Putronagoro sampai pensiun pada tahun 2000, yang selanjutnya ketugasan kepala dinas dilaksanakan oleh Ir. Kismo Sukirdo Sesuai kebijakan Pemerintah mengenai otonomi daerah, penyerahan kewenangan, dan urusan, pada tahun 2001 Dinas Kebudayaan DIY bergabung dengan Dinas Pariwisata DIY, Kanwil Pariwisata DIY, Kanwil Pendidikan dan Kebudayaan DIY (Bidang Sejarah dan Nilai tradisi dan Bidang Museum dan Purbakala) menjadi Dinas Kebudayaan dan Pariwisata DIY dengan Kepala Dinas Ir. Djoko Budhi Sulistyo (Oktober 2001- 30 September 2006). selanjutnya Kepala Dinas Kebudayaan dari masa - kemasa adalah sebagai berikut:

30 September 2006 - 23 Juli 2008,  Ir. Condroyono sebagai Kepala Dinas

23  Juli 2008 - 22 Desember 2008 Dra. Dyan Anggraini (plt)

22 Desember 2008 - 2010 Drs. Djoko Dwiyanto Mhum.

2010 - 2014 Drs. GBPH Yudaningrat, MM

2014 - 2018 Drs. Umar Priyono,MPd.

2018 - sekarang Aris Eko Nugroho, S.P. M.Si